Directeur Ad Zonderland wordt, na degradatie in het seizoen 1989/1990, op non-actief gesteld door voorzitter Theo Heijmans. De sportieve ondergang van de club, die diep wegzakt in de Eredivisie na de enerverende en succesvolle ‘Panasonic jaren’, wordt door de supporters gezien als de schuld van Zonderland. Als voorzitter heeft Heijmans er in 1992 persoonlijk in Genève voor gezorgd dat de uitsluiting van Europees voetbal door de UEFA is teruggedraaid.

FC Den Bosch ‘67 heeft een andere naam tussen 1988 en 1993: BVV Den Bosch. De keuze voor deze naam komt voort uit het idee om de slechte sportieve resultaten te bestrijden met nostalgische gevoelens van tijden van succes. De club speelt ook onder deze naam de bekerfinale in 1991.

De ME beschermt het Bossche supportersvak in het Feyenoordstadion bij de bekerfinale Feyenoord - BVV Den Bosch. Helemaal vooraan naast de 4e ME'er van rechts staat Pierre Bouleij. BVV Den Bosch verliest zeer dubieus met 1-0 nadat de wedstrijd niet is uitgespeeld door meerdere veldbestormingen. 

In 1994 stevent de club op een faillissement af, er is een tekort van 600.000 gulden. Seizoen 1994/1995 wordt een rampseizoen waar FC Den Bosch als hekkensluiter eindigt in het klassement van de eerste divisie.

Het elftal van FC Den Bosch in 1995. Met talenten als Ruud van Nistelrooij, Anthony Lurling en Theo Lucius starten de Bosschenaren het seizoen. De weg omhoog wordt ingezet.

Hans Kraay jr. En Ruud van Nistelrooij tijdens een thuiswedstrijd in de Vliert in het seizoen 1995/1996. Kraaij jr. wordt in maart 1995 live op tv binnengevist door voorzitter Jan Schouten die aangeeft een 'kroegbaas' nodig te hebben om het stadion vol te krijgen. Op 14 april is het rond en amper twee weken later leidt Kraaij jr. de polonaise na de eerste thuisoverwinning van het seizoen.
 

Op 31 mei 1997 speelt Ruud van Nistelrooij zijn laatste wedstrijd voor FC Den Bosch. Hij scoort een doelpunt als afscheidscadeau en kroont zich met twaalf doelpunten tot club topscorer van het seizoen. 

FC Den Bosch wordt kampioen in de 1e divisie (Toto-divisie) in het seizoen 1998/1999. Met belangrijke spelers als Anthony Lurling, Fred van der Hoorn en Hans Gilhaus pakken de blauw-witten de titel. Van der Hoorn toont trots de kampioensschaal aan fotograaf Henk van Esch.

Anthony Lurling (L) scoort op 2 mei 1999 de twee goals, tegen RBC uit Roosendaal, die zorgen voor de drie punten en de titel. Jaren later, in 2015, kroont Lurling zich als alltime clubtopscorer met 77 goals. 

FC Den Bosch wordt kampioen in de 1e divisie in het seizoen 2003/2004. Dit is het laatste succes van de club.